燃烧秸秆的过程中会产生多种有毒化学物质，除了可吸入颗粒物，还包括一定量的多环芳烃、氮氧化合物和硫氧化合物，也对身体健康构成直接威胁。遇到冷空气下降，空气对流慢时，加之秸秆焚烧区域、时段均相对集中，在短时期内大量烟雾很难散尽，严重影响了空气质量，使人们的呼吸道、眼科疾病发病率和复发率明显提高，对中老年和儿童及患有呼吸道疾病的人影响最大，严重时会造成人畜窒息。

一是用机械将秸秆打碎，耕作时深翻严埋，利用土壤中的微生物将秸秆腐化分解。另一种秸秆回田的有效方法是将秸秆粉碎后，掺进适量石灰和人畜粪便，让其发酵，在半氧化还原的环境里变质腐烂，再取出肥田使用。

过腹还田是将秸秆通过青贮、微贮、氨化、热喷等技术处理，可有效改变秸秆的组织结构，使秸秆成为易于家畜消化、口感性好的优质饲料。

将秸秆粉碎后，与其他配料科学配比作食用菌栽培基料，可培育木耳、蘑菇、银耳等食用菌，能有效地解决近几年食用菌生产迅猛发展与棉籽壳供应不足的矛盾。育菌后的基料经处理后，仍可作为家畜饲料或作肥料还田。

稻草秸秆等属于有机物质，是制取沼气的好材料。我国的北方、南方都能利用，尤其是南方地区，气温高，利用沼气的季节长。制取沼气可采用厌氧发酵的方法。此方法是将种植业、养殖业和沼气池有机结合起来，利用秸秆产生的沼气进行做饭和照明，沼渣喂猪，猪粪和沼液作为肥料还田。此种方式是生态农业良性循环的良好模式，它适应了现代化农村发展的需求，受到农民群众的热烈欢迎。

农作物秸秆可用作造纸的原料，还可以用作压制纤维木材，能弥补木材资源的不足，减少木材的砍伐量，提高森林覆盖率，使生态环境向良性发展。

将秸秆直接焚烧和将秸秆同垃圾等混合焚烧发电，还可以汽化发电。秸秆是一种很好的清洁可再生能源，每两吨秸秆的热值就相当于一吨标准煤，而且其平均含硫量只有3.8‰，而煤的平均含硫量约达1%，生物质的再生利用过程中，排放的CO2与生物质再生时吸收的CO2达到碳平衡，具有CO2零排放的作用，对缓解和最终解决温室效应问题将具有重要贡献。

将秸秆超细粉碎后在反应釜中与添加剂一起进行一系列的化学反应，使得秸秆中的纤维具有热塑性。这种材料可以应用于薄膜、片材和注塑级的产品制造，这类产品可替代石油基产品（塑料），并具有完全生物可降解性（180天后失重率达到90%），是一种健康环保材料。